Özəl və dövlət universitetləri arasındakı əsas fərqlər maliyyələşmə, qəbul balı və sosial imkanlarla bağlıdır. Həm dövlət, həm də özəl universitetlərdə pulsuz oxuma imkanı mövcuddur və hər iki sistemdə müxtəlif təqaüd proqramları təqdim olunur.
Lakin dövlət universitetlərində sosial həssas ailə qruplarına aid olan tələbələr (məcburi köçkünlər, əlilliyi olan şəxslər və s.) üçün əlavə güzəştlər və dövlət dəstəyi tətbiq olunur. Özəl universitetlərdə isə bu tip sosial güzəştlər adətən nəzərdə tutulmur. Bununla belə, universitetin daxili qaydalarında qeyd olunarsa, müəyyən güzəştlər tətbiq edilə bilər.
Hər iki tip ali təhsil müəssisəsinə qəbul Dövlət İmtahan Mərkəzi vasitəsilə həyata keçirilir. Rəsmi fəaliyyət göstərən bütün universitetlərin diplomları Azərbaycan Respublikasının Elm və Təhsil Nazirliyi tərəfindən tanınır və eyni hüquqi qüvvəyə malikdir.
Ümumilikdə, fərqlər daha çox təhsil mühiti, daxili qaydalar, tədris yanaşması və tələbə həyatında özünü göstərir. Seçim edərkən şəxsi məqsədlər, maliyyə imkanları və gələcək planlar nəzərə alınmalıdır.